albertoespaylove_cc_by_sparks4pd_vierkant

Kennis bevrijden van betaalmuren

of waarom ik van Alberto Espay houd

12 juni 2020

Een vraag neerleggen

Op 8 mei 2020, vroeg ik prof. dr. Alberto Espay of ik hem lastig zou mogen vallen met een op waarden gebaseerd experiment. Een maand later, heeft hij 32 van de closed access tijdschriftartikelen die hij heeft geschreven (of waaraan hij heeft meegeschreven) open gemaakt via zogeheten groene open access met behup van de geweldige tool www.shareyourpaper.org.

Wat heeft hij precies gedaan? 

Hij opende 32 van de gesloten tijdschriftartikelen waaraan hij in 2018 en 2019 meeschreef.

Ja, dat heb ik gehoord, maar hoe is dat mogelijk? Is het niet ‘eenmaal gesloten toegang, altijd gesloten toegang’? Is hij een tovenaar dat hij het verleden ongedaan kan maken?  

Een tovenaar? Dat denk ik niet.
Een opmerkelijk persoon? Ja!

Vandaag schrijf ik prof. dr. Alberto Espay een liefdesverklaring omdat hij:

  • echt naar patiënten (deze patiënt) luistert;
  • de moed heeft om een ​​experiment te doen zonder direct voordeel voor zichzelf;
  • de moed toont om zijn toegangsprivilege in de ogen te kijken;
  • er ook echt de benodigde uren in steekt;
  • andere auteurs aanmoedigt om zijn voorbeeld te volgen.

Vergis je niet. Hij had dit allemaal niet hoeven doen. Hij had me zonder repercussies kunnen negeren. Ik heb geen enkele invloed. Ik heb slechts mijn innerlijke waardenkompas dat me de weg leidt.

Ik zie dat je een roze bril draagt :-). Kunnen we dit deel al overslaan en kun je beginnen uit te leggen hoe waarden helpen bij het openen van toegang tot literatuur die eens gesloten was?

Jazeker. Scroll maar naar beneden en laat het verhaal zich ontvouwen.


Groene open access is open access geleverd via een open access repository (een open publicatiedatabase). Dit kan een universitaire repository zijn of een algemene repository zoals Zenodo. De artikelen die in dergelijke repositories worden gedeponeerd, worden vindbaar door zogenaamde open access-aggregators zoals Unpaywall die de database doorzoeken.
Een andere mogelijke manier om groene open access te publiceren, is door een preprint te publiceren die daarna open peer review ondergaat, b.v. via open peer review platforms.

Trouw blijven aan wetenschappelijke waarden

Om uit te kunnen leggen hoe waarden kunnen helpen om de wetenschap te ontsluiten … spoelen we even terug in de tijd.

Wat als wetenschappers terug in de tijd zouden kunnen gaan en op de knop ‘ongedaan maken’ zouden kunnen drukken? Zouden ze dat doen? 

Ook al lijkt de vraag retorisch, dat is deze zeker niet. Het is wetenschappers altijd al toegestaan geweest om hun gesloten artikelen te publiceren als groene open access na een door de uitgever bepaald embargo. Desalniettemin hebben de meeste onderzoekers niet geprobeerd hun artikelen van betaalmuren te bevrijden. Daar zijn twee belangrijke redenen voor:

Als je zelf toegang hebt, heb je misschien gewoon niet door dat anderen dat privilege niet hebben. En zelfs als je dat wel weet, kun je niet echt weten hoe het voelt om buitengesloten te worden. Als je dat kon, zou je geen moment aarzelen! Het kan ook zijn dat je niet inziet hoe toegang voor bepaalde groepen de wetenschap vooruit zou kunnen helpen. Ik heb veel onderzoekers een mogelijke bijdrage van de patiënt horen onderschatten. Tot slot realiseer je je misschien niet dat bij publicatie in gesloten toegang een fasetransformatie plaatsvindt die niet overeenkomt met de waarden waarop wetenschap gebaseerd is. Je had het op dat moment gewoon te druk met wetenschap bedrijven …

Een van de obstakels tussen wetenschappers en groene open access – voordat shareyourpaper langs kwam – was dat ze eerst naar de bibliotheek moesten stappen. Elk bureaucratisch obstakel tussen wetenschappers en groene open access vertraagt de vooruitgang. Maar wat nu als je artikelen zou kunnen uploaden vanaf je eigen bureau? Dat zou wat zijn!

Om ervoor te zorgen dat auteurs wel gaan bijdragen, moeten we de zaak voor hen urgenter maken. Ik probeer hieraan te werken door auteurs het op waarden gebaseerde perspectief te laten zien. Ook moet het zo gemakkelijk mogelijk worden gemaakt om te deponeren als groene open access. En dit is waar Shareyourpaper dit voorjaar langs kwam … een geweldig hulpmiddel voor auteurs om gesloten toegang ongedaan te maken en de artikelen waaraan ze hebben bijgedragen zelf te archiveren.

In onderstaande afbeelding probeer ik samen te vatten hoe we het grote functieverlies van de afgelopen jaren kunnen omkeren. Functieverlies – Loss of function of LOF – is ook een bekend concept in onderzoek naar neurodegeneratieve ziekten. De onderstaande illustratie is
daarop gebaseerd.

En toen was er Shareyourpaper

Om gesloten access ongedaan te maken, gebruikte Alberto Espay Shareyourpaper.

In deze sectie zal ik enkele van mijn eigen observaties van de kenmerken van deze tool voor zelfarchivering delen. Ook Alberto Espay – de ‘first follower’ – en Carlo Alberto Artusi – de ‘second follower’ – zullen hun ervaringen delen. Deze laatste twee delen hun ervaringen in het Engels.

Shareyourpaper.org Review
De embargoes worden gecheckt De meeste artikelen die in gesloten access zijn gepubliceerd, kunnen worden gearchiveerd als groene open access. Maar meestal nog niet meteen. Uitgevers hanteren een embargoperiode voordat een artikel als groene open access gedeponeerd kan worden via b.v. een universiteitsrepository of Zenodo (waarin artikelen die zijn gedeponeerd via www.shareyourpaper.org worden gearchiveerd). Het goede nieuws is dat wanneer auteurs hun paper via Shareyourpaper deponeren, ze zich geen zorgen hoeven te maken over dit embargo. Deze wordt voor hen gecontroleerd. Als het nog geen tijd is, wordt het artikel onder embargo gehouden en zodra het embargo afloopt, worden de gedeponeerde artikelen vrijgegeven op Zenodo. Geheel automatisch.
Er wordt een licentie gegeven Een groot voordeel van het uploaden van artikelen via Shareyourpaper is dat er een (machineleesbare) licentie wordt toegepast. Licenties geven aan wat de vinder wel en niet mag doen met het artikel en dat vergroot het hergebruikpotentieel. Bij sommige repositories worden geen licenties toegepast.
Alle artikelen zijn gelijk  
Een auteur kan alle closed access artikelen opnieuw publiceren, ook als hij/zij is overgestapt van universiteit/onderzoeksinstelling. Een institutionele repository staat vaak alleen uploads toe die het resultaat zijn van het huidige dienstverband.
Uploads vanaf je bureau Geen tussenpersoon tussen de auteur en de upload. Enkel een duidelijke interface.
Tijd tussen upload en indexering

I am participating in a patient-driven effort at “liberating” knowledge from the shackles of paywalls, as you can see from my exchange below.

I wonder if you would have the PDF of the article accepted by the journal upon submission of the last review cycle that you could send to me. This is not the PDF available online nor the proofs that have already been copyedited and formatted by the journal but the PDF created from the final Word document of the paper that contains the figures and tables, and which usually is generated on the last submission.

I am uploading as many of my papers as possible through https://shareyourpaper.org as a way to have these papers openly available and their results disseminated. This has been spearheaded by a PD patient from the Netherlands, Marina Noordegraaf. This is legal only with the non-typeset version rather than the final, attractively formatted one that the journals create

Alberto Espay in his mails to his co-authors 

In deze visualisatie zie je de 32 geaccepteerde manuscripten (zogeheten auteursversies) welke Alberto heeft geüpload naar Zenodo via Shareyourpaper.org.

Hij heeft niet alleen de geaccepteerde manuscripten geüpload waar hij zelf de eerste auteur van was, maar hij heeft voor een flink aantal artikelen ook zijn co-auteurs gevraagd om hem de geaccepteerde manuscripten toe te sturen als hij zelf niet de eerste auteur was. Enkele van Alberto’s ervaringen staan – in het Engels – hieronder vermeld:

I am realizing I am not often saving the final versions if I am not the first author so I have to do a detective job to trace them… The two that I sent took me some time to find and then adapt (adding figures, converting from Word to PDF). I would have sent a third but it is only in the hand of the first author, who I sent a message to request this from.

It has been quite a bit of work to find the correct versions. I am reaching out to people, taking the liberty of leaving our correspondence at the bottom to inspire everyone😊

So far the self-archiving a paper is time consuming if one doesn’t have the copies. I may end up with a lousy record on this front end of ~1 hour per paper… I’d like to lower that to 10 minutes to a paper but it may be unrealistic. From now on out, I will keep every final PDF of all articles accepted and deposit them as soon as they are published!

Shareyourpaper’s Joe is amazing, Marina. I received a “We’ll double-check your paper” notification but Joe has been prompt at clearing a couple of such queries within a short period of time.

I have uploaded 2 PDF so far by shareyourpaper.org. My experience was excellent: Clear, easy, and quick!

The only time-consuming part is that we need to convert the submitted version of the final paper to PDF after a bit of editing (in particular, adding figures, and sometimes tables, because most journals ask authors to upload them separately and not embedded into the main text). Obviously, this can be an issue when you have a lot of paper to share. If an author adds the paper to the repository once it is accepted, this will cost no more than 3 mins of time.

Carlo Alberto Artusi

The great undoing

Een maand geleden, voordat dit experiment begon, waren alle artikelen in de bovenstaande illustratie rood: gesloten toegang. Nu hebben we drie smaken:

  • Groen Deze artikelen kunnen door iedereen gevonden worden zonder toegang. Zie de DIY voor patiënten hieronder.
  • Geel Deze artikelen staan onder embargo. De meeste uitgevers laten groene OA pas na een bepaalde periode toe, vaak een jaar. In de gele cirkels zie je de datum waarop ze worden vrijgegeven aan het publiek. Automatisch. Want Alberto heeft deze artikelen al klaargezet voor het moment dat het zover is.
  • Rood Deze stippen worden de komende weken groen. Metaforisch gesproken zijn deze pakketjes allemaal al naar het distributiecentrum gestuurd, maar sommige moeten nog worden opgehaald om te worden afgeleverd op de plaats waar ze worden aangevraagd. (Dat is de tijd die verstrijkt tussen het uploaden van het papier en de oogst door een open access aggregator). Als je rechtstreeks naar het distributiecentrum – Zenodo – gaat, kun je de PDFs die Alberto heeft gedeponeerd wel al downloaden.

Terwijl de machinerie werkt voor de waarden waar ik om geef, kan ieder van ons nu al stappen ondernemen om ook gesloten toegang ongedaan te maken. Hieronder vind je twee DIYs (of feitelijk undo-it-yourselves ; -)). Een voor patiënten en voor wetenschappers.

PS: Update 13 juni: Alle bolletjes in de visualisatie hierboven zijn nu groen! 

DIY voor patiënten

  1. Installeer de Unpaywall plugin.
  2. Elke keer als je tegen een betaalmuur oploopt, zal de plug-in vertellen of deze een legale groene open access-versie van het artikel in kwestie heeft gevonden. Als dit het geval is, wordt het logootje .. groen : -) Zo niet, dan blijft het grijs.
  3. Als je een artikel vindt dat in gesloten toegang is gepubliceerd, vraag de auteur(s) dan op het te herpubliceren in groene open access. Je kunt onderstaande afbeelding gebruiken op social media, samen met de hashtag #shareyourpaper.

Je kunt dit beeld hier downloaden.

In de onderstaande schermafbeelding kun je zien hoe een Unpaywalled-artikel eruit ziet. In dit geval is het een tijdschriftartikel dat door Alberto Espay persoonlijk is ontdaan van een betaalmuur. Als het pictogram groen is, klik je gewoon op het groene pictogram en je download begint. Zo simpel. Compleet legaal.

Click to enlarge

DIY voor wetenschappers

Het vinden van de artikelen die je zelf kunt archiveren via Shareyourpaper.org gaat als volgt:

Als je jezelf herinnert welke artikelen je in gesloten access hebt gepubliceerd, kun je de DOI’s rechtstreeks invoeren op www.shareyourpaper.org en zie je vanzelf welke feedback je krijgt. Je kunt ook de werkwijze volgen die ik persoonlijk hanteer, geïnspireerd door alle tips die ik persoonlijk van @MsPhelps heb gekregen.

  • Voer zelf een PubMed-zoekopdracht uit naar jezelf als auteur en exporteer alle resultaten als .csv.
  • Importeer de .csv in Excel in een comma separated tab, kopieer en plak alle DOI’s in de Simple Query Tool gemaakt door Unpaywall
  • Selecteer de artikelen met gesloten toegang en plak de DOIs in de bulkchecker van de shareyourpaper.org tool
  • Kijk of en zo ja, waar je de artikelen mag archiveren en welke versies
  • Vind de archiveerbare versies ergens op je eigen PC of op die van (een van) je medeauteur(s) en archiveer ze via www.shareyourpaper.org

Onderstaande screencast (in het Engels) geeft je een indruk van mijn persoonlijke aanpak. Als je wilt, kun je mij ook persoonlijk vragen om een ​​lijst met artikelen die je vrij zou mogen geven.

Slotakkoord

Beste wetenschappers,

Als je geeft om de mensen zonder toegangsprivilege, inclusief een mogelijke ‘toekomstige jij’ zonder toegang, of om de waarden die je hopelijk in de eerste plaats tot wetenschapper hebben gemaakt, volg dan het uitstekende voorbeeld van prof. dr. Alberto Espay. Niet omdat het gemakkelijk is om te doen. Maar omdat het het juiste is om te doen.

Ik citeer Alberto:

Most things that are easy are not worth much. So the effort here will be worth our while. I think I can devote 5 papers every 5 days or so. Perhaps this can be my daily ritual until all papers are submitted: one paper before I get too distracted with other matters. I am too delighted by your courage. It would be much easier to go along what is being done. You are taking the hard route. And we should do it precisely because it is hard | Alberto Espay 

Je begrijpt waarom ik geen andere keuze heb dan van Alberto te houden.

Sparks

PS

Hi Alberto,

May I bother you?

You say you love me (or @Sparks4PD at least; -)) but I’d have to put this to a test off course!
Would that still be the case if I confront you with something?

What that might be? 

First: An introduction to my line of thinking: 

I replied to your tweet about how you thought it would be genius to get paid for peer review. As I wrote, my main problem with this solution is that it reinforces the business model we oppose. I feel that we’d better embed the values we care for in our short term solutions too because it’s the collection of short term solutions that will make the long term change.

The ultimate question for me is: Are we, are you, am I and everyone we know open to the question that we ourselves contribute to a system we don’t like? If we say the problem is ‘out there’ we will wait for the world to change as if we aren’t part of it.

I feel that in the interactions between the scientific enterprise and the publishing industry a pathogenic phase transformation has taken place. In my most recent blog I write:

 “Today I’m sad that some authors don’t see how the values underpinning science (equity, openness, honesty, not for profit, transparency, accountability, reproducibility, etc.) – which help advance the research enterprise – are completely lost upon a phase transformation from free, soluble, knowledge to rigid (amyloid) publishing sheets”.  

In my humble opinion, we shouldn’t keep on playing ball on the amyloid court. We have to prevent a loss of function from happening.

We can do so by:

  • Publishing preprints.
  • Translating science into different forms (e.g. posters, drawings, movies) with new possibilities for interacting with the knowledge, for new audiences.
  • Sharing research data, protocols, etc.
  • Publishing open access with not for profit or transparent publishers only (who can show how much it really costs to open up the knowledge).
  • Republishing closed access articles as green open access (the self-archiving route OR the reversible amyloid approach ; -) which I will be highlighting in this mail)
  • In short #openscience 🙂

If we come up with a new solution, we just have to run it against our scientific values. Does that sound like a line of thinking you could agree with at all?

If so, …… continue 🙂

Second: making it personal

have visualized your articles here. The data come from PubMed and I fed the DOIs into the Unpaywall tool. It’s possible that not all data points are correct, but the general impression is that I am not allowed to read half of the articles you wrote. That is a loss of function, a loss of interaction potential.

Now, to start with, I’d like to know whether you’d be willing to republish one of your articles from 2019 in open access at Zenodo or https://scholar.uc.edu/ for free (That would be the repository of your university, right?). Just to see how that works.

Let’s take one article as an example:

Marsili L, Bologna M, Kojovic M, Berardelli A, Espay AJ, Colosimo C. Dystonia in atypical parkinsonian disorders. Parkinsonism Relat Disord. 2019;66:25‐33. https://doi.org/10.1016/j.parkreldis.2019.07.030

I’ve checked at https://shareyourpaper.org and you are legally allowed to share this paper (The accepted manuscript that is, not the publisher’s PDF). Now you can ask your library to upload it to the university repository. Or upload it to Zenodo through shareyourpaper.org directly from your desk.

Then, if I do the viz again some time later on, one red ball should be gone : )! But most of all you’d free your knowledge to a broader audience and I hope this might encourage you to self-archive more papers of course.

Third: And now for the ultimate question:

Do you see any value in my wish to open up past papers to all audiences out there?
If so, are you willing to participate in this experiment? Or suggest an alternative values-based experiment?

In all cases, I would be blogging/tweeting about how I love you in return of course 😉

I’m curious to find out!

Best wishes,

Marina (@Sparks4PD)

Showing 6 comments

Laat een reactie achter op Marina Noordegraaf Reactie annuleren

Deze website gebruikt Akismet om spam te verminderen. Bekijk hoe je reactie-gegevens worden verwerkt.